Bahagian Baitulmal merupakan Bahagian yang bertanggungjawab dalam menguruskan operasi-operasi kewangan seperti urusan Pembayaran, Terimaan, Penyediaan Emolumen, Perancangan Pelaburan Kewangan dan juga kerja-kerja yang melibatkan proses Penyediaan Penyata Kewangan dan Belanjawan MAIS.

Bahagian Baitulmal telah melalui proses pengemaskinian struktur organisasi dan fungsi berikutan penstrukturan semula Majlis Agama Islam Selangor bermula pada bulan Mac 2005. Bagi memperkemaskan perjalanan operasi dan pengurusan Bahagian Baitulmal, terdapat 3 unit diwujudkan iaitu Unit Operasi & Kawalan, Unit Akaun dan Unit Belanjawan.

Waran perjawatan yang telah diluluskan dalam Mesyuarat MAIS adalah sebanyak 22 jawatan. Bahagian ini ketuai oleh Penolong Setiausaha  gred 44, 3 orang Akauntan gred 41, 7 orang Penolong Akauntan gred W27, 10 orang Pembantu Am Pejabat gred N1.

Pencapaian cemerlang telah diperolehi melalui pengiktirafan dan perakuan Sijil Bersih Penyata Kewangan Majlis Agama Islam Selangor sebanyak 8 tahun berturut-turut daripada Jabatan Audit Negara bagi tahun 1418H (1998M), 1419H (1999M), 1420H (2000M), 1421H (2001M), 1422H (2002M), 2003M, 2004M, 2005M.