Bahagian Audit Dalam diberi kuasa oleh Majlis Agama Islam Selangor (MAIS) untuk menjalankan auditan ke atas semua bahagian di MAIS termasuk Anak-Anak Syarikat, Masjid dan Surau, Sekolah Rendah Agama (SRA), Sekolah Rendah Agama Integrasi (SRAI), Kelas Agama Fardhu Ain Integrasi (KAFA) dan Pra Sekolah Jabatan Agama Islam Selangor (JAIS).

Bahagian Audit Dalam adalah bebas dari tanggungjawab dan kuasa dalam aktiviti dan proses yang diaudit. Walau bagaimanapun,  tanggungjawab pegawai-pegawai lain tidak  terlepas dengan adanya Bahagian Audit Dalam.